Secuenciación del genoma entero (WGS) para la inocuidad de los alimentos

La secuenciación del genoma entero (Whole Genome Sequencing o WGS por sus siglas en inglés) es una tecnología o proceso molecular que determina la secuencia completa del ADN de un organismo. La secuenciación del ADN completo de un patógeno transmitido por los alimentos, como lo son la Salmonella, Listeria, E. coli, etc., juega un papel importante en la protección de la salud pública. Históricamente, se han empleado varias metodologías de subtipificación molecular para estos fines. Pero los métodos consumían mucho tiempo y eran costosos de usar en sistemas de vigilancia de brotes de enfermedades transmitidas por alimentos. Los nuevos métodos de secuenciación rápida (a menudo referidos como secuencia de próxima generación) que utilizan WGS ofrecen resultados con un bajo costo y tiempo de respuesta, con amplias aplicaciones que antes no eran posibles.

¿CUÁLES SON LAS VENTAJAS DEL WGS EN LA SEGURIDAD ALIMENTARIA?

La información obtenida de WGS ayuda a los investigadores a identificar rápidamente la cepa bacteriana responsable de los brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos. Los datos son confiables, eficientes y capaces de proporcionar especificidad de ubicación. Otras ventajas específicas son la facilidad de uso y bajos costos; la identificación de la fuente del brote de la enfermedad transmitida por los alimentos, la ayuda en la identificación de casos relacionados, la ayuda en el monitoreo / seguimiento de la ruta de transmisión, proporciona otras informaciones útiles tales como la resistencia a antibióticos, características de virulencia, serotipo, etc., ayuda a identificar los riesgos asociados con estos patógenos en nuestros alimentos y ayuda en la determinación de estrategias de intervención.

¿CÓMO UTILIZAN LA WGS LOS AGENTES REGULADORES?

La FDA está utilizando WGS para vincular los patógenos aislados de los alimentos y las instalaciones, a las enfermedades humanas. La FDA está encabezando la red de laboratorios que pueden secuenciar todo el genoma de patógenos transmitidos por alimentos recolectados de productos alimenticios contaminados y muestras ambientales, y cargar la información en la plataforma de acceso abierto GenomeTrakr, el cual es una colaboración entre la FDA, el departamento de salud pública y los laboratorios universitarios.

Cuando se dispone del WGS de un patógeno aislado de las muestras de alimentos o de muestras de hisopo ambiental, GenomeTrakr comprueba la base de datos PulseNet para identificar posibles vínculos con las huellas dactilares de ADN de los pacientes. Estas secuencias (de la fuente y el paciente) se comparan, y la base de datos mostrará si otras personas están enfermas de la misma cepa, y si esta ha sido aislada de un alimento o una planta de fabricación específica. Una vez que se identifica un grupo, PulseNet trabaja con equipos de investigación de laboratorio y epidemiológicos en los CDC, agencias federales de regulación de alimentos y departamentos de salud estatales y locales para determinar la fuente y el microorganismo causal responsable. Dependiendo de este resultado, la FDA tomará las medidas correctivas apropiadas, tales como retirar los productos, detener la distribución adicional, publicar avisos / alertas públicas y supervisar el plan de acción correctiva de la compañía.

¿CÓMO SE AFECTAN LOS FABRICANTES Y LOS PROCESADORES DE ALIMENTOS?

La tecnología WGS se ha utilizado con éxito en las investigaciones de enfermedades transmitidas por los alimentos, en la FDA, FSIS y CDC. Proporciona una plataforma científica sólida para que los investigadores puedan conectar todas las piezas del rompecabezas en el caso de un brote y proponer estrategias de intervención para detener los brotes antes de que sucedan. En el futuro, los fabricantes de alimentos deben esperar que cualquier muestreo obtenido de una muestra de hisopo alimentaria o ambiental se someterá a la WGS. Los datos serán almacenados en la base de datos de GenomeTrakr para ser rastreables en caso de una crisis de seguridad alimentaria. Por lo tanto, es vital para los fabricantes de alimentos ser conscientes de esta tecnología y sus aplicaciones reguladoras en la vigilancia de brotes de enfermedades transmitidas por los alimentos.

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